На парламентских выборах 1999 года избирательный блок получил 8,52 % голосов избирателей и сформировал фракцию в Государственной Думе.
26 мая 2001 состоялся учредительный съезд Союза правых сил. В качестве учредителей выступило девять партий, в частности, Демократический выбор России. На съезде принят устав СПС, избрано руководство партии. Сопредседателями партии стали Егор Гайдар, Сергей Кириенко, Борис Немцов, Ирина Хакамада, Анатолий Чубайс.
14 декабря 2001 года прошёл II съезд. На съезде окончательно утверждены устав и программа СПС. Председателем партии избран Борис Немцов. Помощь в руководстве партией ему продолжали оказывать Егор Гайдар, Ирина Хакамада и Анатолий Чубайс.
На III съезде 16 января 2002 года приняты декларация об основах внешнеполитической концепции СПС и резолюция «Глобальная угроза международного терроризма». В декларации национальным интересом России объявлены интересы её граждан.
1 октября 2002 подтвердила свою регистрацию.
IV съезд (8 сентября 2003 года) принял программу, в которой, в частности, говорилось, что Союз правых сил идёт на парламентские выборы 2003 года с твёрдым намерением победить. «СПС строит великую Россию, то есть свободную Россию — страну, в которой не стыдно и удобно жить» всем гражданам. Среди первоочередных приоритетов СПС — начало глубоких реформ (военной, социальных отраслей, включая здравоохранение и образование, науки, ЖКХ, банковской), продолжение уже начатых реформ в налоговой и пенсионных сферах, серьёзные изменения в миграционной и аграрной политике, укрепление гарантий защиты частной собственности.
На выборах в Государственную Думу в декабре 2003 СПС набрал 4,0 % голосов и не прошёл в парламент. По одномандатным округам в Госдуму четвёртого созыва были избраны кандидаты СПС Павел Крашенинников, Арсен Фадзаев и Алексей Лихачев (все трое перешли во фракцию «Единая Россия»).
Все четыре сопредседателя — Борис Немцов, Ирина Хакамада, Егор Гайдар и Анатолий Чубайс — ушли в отставку на внеочередном съезде в январе 2004, взяв на себя ответственность за поражение на парламентских выборах. Тем не менее, сам Чубайс продолжает оказывать помощь СПС. Ряд отделений партии в регионах созданы на основе местных отделений РАО ЕЭС, возглавляемой Чубайсом, из 32 членов политсовета пятеро работают в РАО. Номинальными лидерами партии остались ответственный секретарь Федерального политического совета партии Виктор Некрутенко и исполнительный директор партии Олег Пермяков. Фактически партией руководил президиум политсовета из пяти секретарей (Виктор Некрутенко, Борис Надеждин, Борис Минц, Леонид Гозман, Иван Стариков), отвечавших за основные направления партийной работы и осуществлявших коллективное руководство СПС в период отсутствия у партии единого лидера (с января 2004 по май 2005).
V съезд СПС (26 июня 2004 года) констатировал готовность партии к формированию единого демократического списка на выборах в Госдуму в 2007 года, победа на которых выдвинута в качестве стратегической задачи. Как отмечено в программном заявлении съезда, СПС считает необходимым формировать этот единый список не просто на основе договорённостей лидеров, а путём обращения к мнению избирателей. Член федерального политического совета СПС Анатолий Чубайс подтвердил, что СПС готов вести переговоры с «Яблоком», несмотря на разногласия c его лидером Григорием Явлинским.
На съезде, состоявшемся 28 мая 2005, Федеральный политсовет предложил ввести в партии пост заместителя председателя Политсовета и избрать председателем 29-летнего руководителя пермской организации СПС, вице-губернатора Пермской области Никиту Белых, а заместителем — Леонида Гозмана. Основным оппонентом Белых стал секретарь президиума Иван Стариков, выдвинувший свою кандидатуру. По результатам голосования Никита Белых возглавил партию.
На выборах 2005 года в Московскую городскую Думу СПС выступил единым списком с партией «Яблоко» (список которого возглавлял Новицкий, Иван Юрьевич) и рядом гражданских организаций. Блок Яблоко — Объединённые демократы смог преодолеть 10-процентный барьер (11,11 %) и получил 3 места из тридцати пяти, Иван Новицкий стал депутатом Мосгордумы.
26 января 2006 года на заседании федерального политсовета СПС принято решение о создании комиссии по объединению демократических организаций во главе с Борисом Немцовым. 16 февраля 2006 года федеральный политсовет СПС утвердил состав комиссии, в которую вошли Борис Немцов (председатель), Леонид Гозман, Владимир Кара-Мурза (мл.), Борис Надеждин, Олег Наумов, Виктор Некрутенко, Олег Пермяков и Евгений Ясин.
19 сентября 2006 года на очередном съезде СПС была принята за основу новая программа партии «Горизонт-2017. Вернуть России будущее».
После её опубликования Виталий Третьяков выступил с критикой ряда положений программы, порекомендовав переписать её. Однако несмотря на программные заявления, в 2007 году партия получила на парламентских выборах 0,96 % голосов.
В феврале 2008 года Борис Немцов приостановил своё членство в СПС.
2 октября 2008 года на заседании Политсовета партии было принято решение о самороспуске СПС. 15 ноября 2008 года на внеочередном съезде партия объявила о самороспуске. «За» проголосовали 97 человек, «против» — 9, воздержались двое.
