Сначала, в ноябре 1993 возник избирательный блок. Далее, в январе 1995 «Яблоко» преобразовалось в общественное объединение, проведя учредительный съезд. Главой центрального совета стал Явлинский. Уже в этот период произошли некоторые изменения в руководстве. В 1994 из блока ушла часть представителей Республиканской партии во главе с Владимиром Лысенко.В это же время к «Яблоку» присоединилась Региональная Партия Центра из Санкт-Петербурга на правах региональной организации. Одновременно началось создание региональных и местных отделений «Яблока».
В 2008 году председателем партии стал Сергей Митрохин.
Демократическая оппозиция
«Яблоко» в течение всего периода президентства Ельцина выражало неприятие социально-экономического и политического курса, проводимого им. Этим в основном и была обусловлена роль демократической оппозиции исполнительной власти, которую играла партия. Дело дошло до того, что в мае 1999 года фракция голосовала за импичмент главе государства — основная масса депутатов поддержала обвинение президента в развязывании войны в Чечне, а 24 депутата голосовали и за импичмент Ельцину по обвинению в вооружённом разгоне Верховного Совета в октябре 1993 года. «Яблочники», однако, отказались поддержать другие статьи обвинений, в том числе предложенную КПРФ статью о «геноциде русского народа».
Критикуя президентскую и правительственную политику, регулярно голосуя против проектов государственных бюджетов, вносимых Кабинетом министров в Думу, «Яблоко» тем не менее сохраняло готовность к конструктивному сотрудничеству с исполнительной властью. Такая ситуация становилось возможной, когда власть хотела расширить свою базу поддержки в обществе, как например во время выборов 1996 года. Тогда Явлинскому предложили войти в состав правительства. Лидер «Яблока» в качестве условия потребовал прекратить военные действия в Чечне, внести серьёзные коррективы в социально-экономическую политику. Кроме того, он потребовал отправить в отставку премьер-министра Виктора Черномырдина, руководителя Службы безопасности Президента РФ Александра Коржакова, первого вице-премьера Олега Сосковца, министра обороны Павла Грачева, руководителя администрации президента Николая Егорова, директора ФСБ Михаила Барсукова. Эти условия приняты не были, и вхождение Явлинского и его команды в правительство не состоялось.
Некоторые члены фракции «Яблоко», всё же принимали предложения исполнительной власти так Михаил Задорнов и Оксана Дмитриева входили в правительство, за что были исключены из партии. В настоящее время члены «Яблоко» не входят в правительство, но член Политического комитета партии Игорь Артемьев возглавляет Федеральную антимонопольную службу.
После Ельцина
Избрание Владимира Путина Президентом Российской Федерации в марте 2000 серьёзно изменило политическую ситуация в стране. Нового главу государства, в отличие от Ельцина поддерживало значительное количество населения. Даже среди потенциальных избирателей «Яблока» Путин стал более популярным политиком, чем Явлинский
До осени 2001 года «Яблоко» находилось в жёсткой оппозиции Путину, в частности во время конфликта вокруг телекомпании НТВ.
«Яблоко» выступало с критикой правительства Михаила Касьянова в течение всего срока полномочий Думы третьего созыва, особенно по мере приближения думских выборов. В июне 2003 фракция проголосовала за вотум недоверия правительству, который, однако, не был одобрен Думой.
После того, как в 2003 году, в связи с отсутствием достаточного количества голосов, «Яблоко» не смогло пройти в Думу, партия ушла в глубокую, практически тотальную оппозицию В. В. Путину. После разгромного поражения партии на выборах в Государственную Думу в 2007 году и с приходом к власти Д. Медведева оппозиционность «Яблоко» усилилась. Партия стала обвинять власти в тоталитаризме.
