На учредительном съезде Сергей Шойгу, Юрий Лужков и Минтимер Шаймиев были избраны сопредседателями номинального управляющего органа. Председателем генерального совета партии, осуществлявшего практическое руководство, и Центрального исполнительного комитета партии стал Александр Беспалов. В совет вошли секретарь политсовета ОВР Александр Владиславлев, Франц Клинцевич, член Совета Федерации Сергей Попов.
20 ноября 2002 года председателем высшего совета становится министр внутренних дел Борис Грызлов. Полномочия Беспалова как председателя генсовета были урезаны, а 27 февраля 2003 он вообще ушёл, возглавив департамент информационной политики компании «Газпром». Председателем генерального совета партии стал Валерий Богомолов, а главой центрального исполнительного комитета — Юрий Волков.
29 марта 2003 года состоялся II съезд партии. Съезд одобрил доклад, с которым выступил председатель высшего совета партии Б. В. Грызлов и утвердил манифест «Путь национального успеха». На съезде было принято решение разработать предвыборную программу на предстоящие парламентские выборы.
III съезд партии 20 сентября 2003 года принял предвыборную программу и утвердил список кандидатов на выборах. Съезд приветствовал Владимир Путин, пожелавший партии успеха на выборах. 7 декабря «Единая Россия» выиграла выборы, и получила 37,57 % голосов, а вместе с одномандатниками — и конституционное большинство в Государственной Думе России. Борис Грызлов стал спикером Госдумы.
24 декабря 2003 года состоялся IV cъезд, на котором с докладом выступил председатель высшего совета партии Б. В. Грызлов. Съезд одобрил основные положения и выводы доклада, а также деятельность партии в период избирательной кампании. Съезд принял единогласное решение о поддержке кандидатуры Владимира Путина на выборах президента. Кроме того, было принято решение о переименовании партии «„Единство и Отечество“ — Единая Россия» в партию «Единая Россия».
27 ноября 2004 года на V съезде была проведена реформа управления — ликвидирован центральный политический совет и введена должность председателя партии. Председателем «Единой России» был избран Борис Грызлов.
22 апреля 2005 года новым секретарём президиума генсовета «Единой России» был избран вице-спикер Госдумы Вячеслав Володин. Он сменил Валерия Богомолова. 23 апреля 2005 года в должность руководителя центрального исполкома вступил 35-летний депутат Госдумы Андрей Воробьёв, руководитель Фонда «Единая Россия».
Ключевые управления в центральном исполкоме (политическое и по связям с общественностью) возглавил Константин Костин, советник заместителя главы администрации президента России Владислава Суркова.
Новое руководство «Единой России» поставило целью так называемую «партизацию власти». Весной 2005 года был принят закон о выборах в Госдуму исключительно по партийным спискам. Затем Госдума приняла поправки к федеральному законодательству, позволяющие партии, победившей на выборах в региональный парламент, предлагать президенту России свою кандидатуру на губернаторский пост. В подавляющем большинстве регионов это право принадлежит «Единой России». Подавляющее большинство губернаторов являются членами «Единой России». В апреле 2006 года Борис Грызлов сообщил, что членами партии являются уже 66 из 88 руководителей российских регионов. Начиная с 2005 года в партию вступили руководители крупных промышленных корпораций — «Рот Фронт», «Бабаевский», «Мечел», «АвтоВАЗ». Но ни президент Владимир Путин, ни первый заместитель председателя правительства России Дмитрий Медведев — этого не сделали.
26 ноября 2005 года в Красноярске состоялся VI съезд партии, одобривший новую редакцию устава. Согласно одной из поправок, в случае невыполнения решений центральных и региональных партийных органов может быть прекращена деятельность регионального политического объединения, не выполняющего эти решения. Изменений в программу партии на съезде не было сделано. Борис Грызлов заявил, что комплексная программа модернизации России будет представлена лишь в 2007 году. В докладе также была упомянута необходимость повышения нравственного здоровья общества (через усиление контроля над СМИ) и решения демографических проблем. 2 декабря 2006 года в Екатеринбурге состоялся VII съезд партии. По итогам съезда было утверждено программное заявление «Россия, которую мы выбираем», в котором была изложена стратегия развития на принципах суверенной демократии.
7 мая 2008 года Бориса Грызлова на посту руководителя партии сменил Владимир Путин. Ранее на IX съезде «Единой России» было принято решение о введении поста председателя партии, который делегаты съезда предложили Путину.
20 ноября 2008 года в Москве состоялся X съезд «Единой России». На его открытии выступил председатель партии Владимир Путин. В работе съезда принял участие президент России Дмитрий Медведев.
