Политическая карьера экономиста Сергея Иваненко началась начале 90-х со знакомства с заведующим сводным экономическим отделом Совета Министров СССР Григорием Явлинским, впоследствии - первым заместителем Совета министров РСФСР. Сам Иваненко в то время был главным специалистом аппарата Госкомиссии Совмина, участвовал в создании экономической программы 500 дней .
Программа так и не была реализована, Явлинский из правительства ушел, а Иваненко остался в Совмине, но ненадолго. Вскоре Явлинский создал и возглавил свой ЭПИцентр (исследовательский институт Центр экономических и политических исследований ), и Иваненко перешел туда, став ведущий научным сотрудником.
В тот же период началось формирование избирательного блока ЯБЛоко , кандидатами от которого были выдвинуты и несколько сотрудников ЭПИцентра, в первую очередь - сам Явлинский. Взял он с собой на выборы и Иваненко. Блок выступил на выборах удачно, и Явлинский с Иваненко в числе других яблочников стали депутатами Госдумы первого созыва. Впоследствии оба становились депутатами нижней палаты парламента второго (1995) и третьего (1999) созывов.
Положение Иваненко в Яблоке также укреплялось. В 1996 году он официально стал одним из заместителей Явлинского, а три года спустя - его первым замом, по сути, дублером (впоследствии ряд аналитиков называли его даже альтер эго Явлинского, в том числе за усвоенную Иваненко манеру речи своего патрона).
В 2003 году представители Яблока мест в Госдуме не получили, отказавшись идти на выборы единым фронтом с Союзом правых сил . В 2004 году Иваненко от имени яблочников принял участие в очередной попытке создать коалицию оппозиционных сил, войдя в состав общественного Комитета 2008 Гарри Каспарова. Попытка оказалась неудачной - как и все предыдущие. В 2006 году на XIII съезде партии Иваненко в программном заявлении о коалиционной тактике Яблока подчеркнул: о слиянии с СПС следует забыть - оно невозможно. При этом Иваненко помянул старое , назвав непреодолимым препятствием на пути объединения различное отношение партий к реформам 90-х . В 2007 году стало окончательно ясно, что единого списка кандидатов в Госдуму от СПС и Яблока не будет (и это при том, что результаты СПС на региональных выборах 2007 года были неплохими, в отличие от Яблока , которое ни в одном из субъектов федерации не преодолело проходного барьера). Впрочем, уже, наверное, никто и не надеялся.
Иваненко известен как противник какого-либо сотрудничества с радикалами . Сообщалось, что весной 2007 года он от имени партии подписал Хартию о противодействии экстремизму (которую сочинили, по некоторым данным, в кремлевской администрации). Иваненко упоминал о том, что Яблоко пыталось бороться и предлагало свою версию хартии, но она практически не нашла отражения в новом варианте . Тем не менее, он поставил свою подпись, поскольку Явлинский на встрече с президентом сам предложил разработать подобный документ. Раз мы выступили инициаторами и свои предложения внесли, не подписать не могли , - разъяснил Иваненко позицию партии.
Первого зама Явлинского именовали характерным представителем состоящей из сноровистых профессионалов команды, работающей над удержанием своего статуса в большой публичной политике . Статус Иваненко - уж куда стабильнее: более 15 лет он рядом с бессменным руководителем Яблока , и не было ни намека на то, что их взгляды когда-либо в чем-либо не совпадали. Называли Иваненко и возможным преемником Явлинского. Но тут же оговаривались: при полной идентичности идей и мнений полноценной такая замена не будет - он все-таки номер второй .
А вот в избирательном списке Яблока он и вовсе номер третий. 16 сентября предвыборный съезд партии утвердил следующий состав первой тройки: первый - лидер партии Григорий Явлинский, второй - руководитель правозащитной фракции партии Сергей Ковалев, третий - Сергей Иваненко.
